Bảo tàng tổng hợp Vườn quốc gia Xuân Thuỷ được xây dựng từ Dự án đầu tư phát triển Vườn quốc gia Xuân Thuỷ với tổng diện tích trưng bày lên tới 600 m2, bao gồm cả phần Bảo tàng thiên nhiên và Bảo tàng về nhân văn của địa phương. Bảo tàng được xây dựng hoàn chỉnh năm 2007 với phần kiến trúc và Tủ trưng bày được đầu tư từ nguồn vốn của Chính Phủ. Chức năng của Bảo tàng là trưng bày mô phỏng và lưu giữ các tài nguyên là văn hoá vật thể cùng phi vật thể ở khu vực Vườn quốc gia Xuân Thuỷ nhằm bảo tồn các giá trị quý giá từ tài nguyên tự nhiên và tài nguyên nhân văn ở vùng cửa sông ven biển, đồng thời góp phần tuyên truyền nâng cao nhận thức cho cộng đồng, hỗ trợ hoạt động nghiên cứu khoa học và phát triển du lịch sinh thái cho các đối tượng du khách.

Tuy nhiên do có nhiều khó khăn cả do khách quan và chủ quan, phần triển khai các mẫu vật và thiết kế phục dựng để trưng bày trong Bảo tàng không thể thực hiện được do thiếu kinh phí và chuyên gia. Bản thân các cán bộ của Vườn quốc gia Xuân Thuỷ đã khá nỗ lực để sưu tầm những mẫu vật có thể để trưng bày trong Bảo tàng của mình, tuy nhiên vẫn khá hạn chế. Phần mẫu vật từ nhân văn hầu như không có. Những năm gần đây, ở VQG Xuân Thuỷ vào các dịp nghỉ hè thường có một Đội tình nguyện viên của sinh viên các Trường Đại học đến từ Hà Nội thực hiện các hoạt động tình nguyện giúp người dân vùng đệm làm vệ sinh môi trường và tuyên truyền giáo dục môi trường cho các đối tượng cộng đồng. Ban quản lý dự án WAP sau khi có thiết kế ý tưởng trưng bày Bảo tàng của 01 Cơ quan tư vấn đã nghĩ đến việc sử dụng lực lượng tình nguyện viên là sinh viên này phối hợp với Ban văn hoá các xã để tiến hành thu thập mẫu vật một cách tự nguyện trong khu dân cư, đồng thời tiến hành thuê nghệ nhân địa phương thiết kế phục dựng một số sản phẩm văn hoá bản địa để có mẫu vật trưng bày cho Phần nhân văn của Bảo tàng tổng hợp Vườn quốc gia Xuân Thuỷ. Ý tưởng trên đã nhận được sự hưởng ứng nhiệt tình của Đội sinh viên tình nguyện và Ban văn hoá các xã vùng đệm. Kết quả, sau một thời gian tổ chức sưu tầm đã có trên 70 hiện vật do dân vùng đệm tự nguyện hiến tặng cho Vườn quốc gia và hơn 100 mẫu vật được nghệ nhân địa phương thiết kế phục dựng để trưng bày trong Bảo tàng của Vườn. Bảo tàng tổng hợp phần nhân văn của Vườn quốc gia Xuân Thuỷ đã có được một góc biểu đạt khá ấn tượng và hữu ích.

Đây là sáng kiến của Ban quản lý dự án WAP- Vườn quốc gia Xuân Thuỷ xuất phát từ yêu cầu thực tế về công tác quản lý bảo tồn thiên nhiên ở khu vực;  Đến nay về cơ bản sáng kiến đã được triển khai thực hiện đạt hiệu quả quản lý khá thiết thực trong giai đoạn 2010-2011. Sáng kiến này có thể được áp dụng rộng rãi và khả thi cho các Khu bảo tồn thiên nhiên khác ở Việt Nam.