Đất ngập nước ở cửa sông ven biển thuộc Vườn quốc gia Xuân Thuỷ có lịch sử hình thành từ các quá trình bồi tụ phù sa của Sông Hồng và Biển  Đông, Vùng đất nằm trong đê Ngự Hàn thuộc các xã vùng đệm  của VQG Xuân Thuỷ được khai hoang lập ấp từ khoảng 170 năm về trước (theo lịch sử của xã Giao  Hải mốc thời gian khai khẩn ở địa bàn bắt đầu từ năm 1840, do cụ Đinh Khắc Chu quê ở Kiên Lao- Xuân Trường và Cụ Nguyễn Duy Hàm  quê ở làng Hành Thiện- Xuân Trường chủ trì  để hình thành xã Kiên  Hành- là Giao Long & Giao Hải ngày nay)

Sau quá trình khai hoang lập ấp là các công trình quai đê lấn biển theo truyền thống :” Lúa lấn cói, cói lấn vẹt và vẹt lấn biển”

Vùng đất ở giáp chân đê Ngự Hàn ngày nay được gọi là Bãi Trong có lịch sử hình thành trên 150 năm. Ban đầu người dân địa phương đắp đê và trồng sú vẹt để phòng hộ đê. Khi đất đã tương đối ổn định dân địa phương trồng cói ở các khu vực ngọt lợ để lấy nguyên liệu dệt chiếu & lợp nhà, sau khi đất được ngọt hoá sẽ chuyển dần sang trồng lúa chịu mặn nhằm từng bước lấn biển.

Những năm 60 tại Giao An xuất hiện mô hình lấn biển do Ông Trần Văn Thuần- Bí thư đảng uỷ xã - chủ trì đã huy động nhân dân địa phương quai đắp đê hình thành nên 02 khu Điện Biên và Bình Long với diện tích gần 200 ha, làm cơ sở hình thành nên Làng  Điện Biên ở ngoài đê Ngự Hàn thuộc xã Giao An ngày nay.

Những năm 70, khi hệ thống rừng ngập mặn bị phá bỏ, vùng bãi bồi thuộc địa phận xã Giao Long & Giao Hải bị biển xâm lấn mạnh mẽ, làm mất đi phần  lớn diện tích đất bãi bồi tương ứng với địa phận quản lý hành chính của hai xã này.

Khu vực Cồn Lu và Cồn Ngạn có lịch sử hình thành khoảng trên 100 năm. Hai cồn bãi này được người dân địa phương khai thác nguồn lợi thuỷ sản tự nhiên với mục đích tự cấp tự túc là chính. Cồn Mờ (Cồn Xanh ngày nay) có lịch sử hình thành khoảng trên 20 năm.

Khoảng giữa thập niên 80 của thế kỷ 20 bắt đầu có được sự chuyển dịch cơ cấu kinh tế từ tự cấp tự túc sang nuôi trồng thuỷ hải sản phục vụ cho mục đích thương mại và xuất khẩu. Năm 1986, UBND huyện Xuân Thuỷ triển khai đắp Đập Vọp ngăn Sông Vọp để lấy đường tiến công ra Cồn Ngạn quai đắp bờ đầm nuôi trồng quảng canh các loài hải sản bản địa như : tôm rảo, cua bể và rong câu chỉ vàng. Phong trào làm đầm tôm cũng được phát triển mạnh mẽ vào đầu những năm 90 khi có chủ trương xuất khẩu thuỷ sản sang các nước Châu Âu và Đông Bắc á. Hàng ngàn ha rừng ngập mặn trên các bãi bồi ở Cồn Ngạn và Cồn Lu đã được chuyển đổi mục đích từ phòng hộ ven biển sang nuôi trồng thuỷ sản. Cùng lúc với việc nuôi tôm, phong trào nuôi Ngao thương phẩm cũng đã lấn chiếm đất vùng bãi bồi còn hoang hoá ở khu vực cuối Cồn Lu & Cồn Ngạn để chuyển sang nuôi quảng canh loài ngao và các loài nhuyển thể khác cũng được phát triển mạnh mẽ. Ban đầu dân địa phương chỉ nuôi Ngao bản địa (ngao dầu), sau đó chuyển sang nuôi Ngao Thanh Hoá (ngao méo) đến ngày nay là Ngao trắng Bến Tre và nuôi thêm một số loài nhuyễn thể khác như: Hà, Gion, Vẹm…

Đập Vọp lúc đầu đã giúp dân địa phương mở mang bờ cõi, tiến dần ra biển để nuôi trồng và khai thác nguồn lợi thuỷ sản. Tuy nhiên do đập Vọp tạo sự ngăn cách của hai nguồn nước: nước ngọt từ Sông Hồng và nước mặn từ biển Giao Hải nên đã làm mất đi cân bằng sinh thái ở khu vực. Phía đầu  Sông Hồng ( đông Đập Vọp) vì quá ngọt nên lau sậy phát triển mạnh chỉ có các loaì tôm cá tạp ở hệ sinh thái ngọt lợ ( có giá trị kinh tế thấp) thích ứng được. Phía tây Đập Vọp bị mặn hoá, loài Hà phát triển mạnh, rừng ngập mặn bị lụi đi nhiều vì Hà bám và cũng do môi trương nước quá mặn chỉ có loài Hà là có thể thích ứng tốt nên hiệu quả nuôi trồng thuỷ sản ở khu vực không cao.

Năm 1989 vùng bãi bồi ngập nước ở cửa Sông Hồng thuộc huyện Xuân Thuỷ được UNESCO công nhận gia nhập công ước quốc tế Ramsar.

Năm 1992, UBND huyện  Xuân Thuỷ thành lập Trung tâm tài nguyên môi trường thuộc huyện để giúp Chính phủ thực hiện cam kết đã ký với cộng đồng quốc tế về bảo tồn vùng đất ngập nước có tầm quan trọng quốc tế tại Xuân Thuỷ.

Năm 1992, Bộ lao động thương binh và xã hội phê duyệt dự án lấn biển Cồn Ngạn, bao gồm:”  Phần diện tich đất ngập nước tính từ Đê Vành Lược đến đê Ngự Hàn chia thành 04 ô để có thể quy hoạch xây dựng khu kinh tế mới cho 03 xã mới.”

Năm 1995, Bộ Lâm nghiệp (nay là Bộ Nông Nghiệp &PTNT) phê duyệt Luận chứng kinh tế kỹ thuật Khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Xuân Thuỷ; để sau đó UBND tỉnh  Nam Hà quyết định thành lập Ban quản lý Khu bảo tồn thiên nhiên trực thuộc Chi cục kiểm  lâm  tỉnh  Nam Hà.

Nghề nuôi trồng thuỷ sản ở khu vực trải qua rất nhiều thăng trầm, từ việc ban đầu chỉ tập trung nuôi quảng canh một vài loài bản địa chủ yếu như: tôm, cua, ngao với việc đáp ứng thị trường tại chỗ đến việc mở rộng quy mô nuôi ( tăng diện tích, số loài và cường độ nuôi...) nhằm mục đích xuất khẩu. Dự án của Bộ Lao động TB&XH thay đổi mục tiêu từ việc lấn biển di dân hình thành 03 xã mới để chuyển sang nuôi trồng thuỷ sản phục vụ mục đích sản xuất hàng hoá. Cũng vì vậy một xã mới tương ứng với địa phận xã Giao An là xã Giao Hưng (1997) đã được Thủ Tướng Chính Phủ huỷ bỏ quyết định vào năm 2003. Truyền thống lấn biển cũng được thay đổi thành: ” vẹt lấn biển, tôm lấn vẹt”.

Rừng ngập mặn cũng có lịch sử hình thành khá phức tạp. Ban đầu chỉ là phong trào trồng Vẹt (Trang) tự phát để phòng hộ đê biển, sau đó  địa phương đã nhận được các tài trợ nhỏ của Chính Phủ và các Tổ chức quốc tế. Năm 1995-1998, Rừng ngập mặn được trồng bằng nguồn kinh phí Phủ xanh đất trống đồi trọc ( Chương trình 327), Từ năm 1999 đến nay là Chương trình trồng mới 5 triệu ha rừng ( Chương trình 661). Đặc biệt từ năm 1997-2005 Hội chữ thập Đỏ Đan Mạch tài trợ cho huyện  Giao Thuỷ  dự án Phục hồi rừng ngập mặn với quy mô trồng RNM lên tới hàng ngàn ha và đã đạt được hiệu quả khá tích cực. Rừng Phi lao được trồng chủ yếu ở má ngoài Cồn Lu và dải cát ở má ngoài của Bãi Trong bằng các nguồn kinh phí như trên, Năm 1999 diện tích rừng phi lao ổn định đã lên tới trên 100 ha. Những năm gần đây do bị ảnh hưởng của bão gío và nước biển dâng nên rừng Phi lao bị suy giảm nhiều, Diện tích rừng bị thu hẹp chỉ còn khoảng 50 ha tập trung ở phía má ngoài Cồn Lu.

Năm 2002, Đập Vọp được thông bằng Cầu Vọp, đồng thời với việc mở hàng loạt các kênh cấp thoát nước chạy dọc Cồn Ngạn, hệ thống nước được điều hoà hợp lý hơn. Năm 2004 là năm được mùa Ngao giống tự nhiên giúp cho cộng đồng địa phương có được nguồn thu nhập khá lớn ( hàng trăm tỷ đồng từ sản phẩm ngao các loại). Tuy nhiên mấy năm trở lại đây do việc canh tác bất hợp lý cộng với các yếu tố khách quan khác như: ô nhiễm môi trường và biến đổi khí hậu, nghề nuôi trồng thuỷ sản nói chung ở khu vực bị suy giảm mạnh. Nhiều đầm tôm và vây vạng làm ăn kém hiệu quả, thất thu, bỏ đầm trống hoặc làm cầm chừng, gây ảnh hưởng tiêu cực đến nghề nuôi trồng thuỷ sản và an sinh xã hội ở khu vực.

Năm 2003, Chính phủ quyết định chuyển hạng Khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Xuân Thuỷ thành Vườn quốc gia Xuân Thuỷ.

Năm 2004, UNESCO tiếp tục công nhận Khu dự trữ sinh quyển ven biển liên tỉnh đồng bằng châu thổ Sông Hồng, trong đó Vườn quốc gia Xuân Thuỷ trở thành vùng lõi có tầm quan trọng đặc biệt của Khu dự trữ sinh quyển thế giới này.

Như vậy, trải qua lịch sử gần 200 năm, vùng đất ngập nước ở cửa sông ven biển thuộc Vườn quốc gia Xuân Thuỷ hiện nay chứng kiến nhiều thay đổi cả theo chiều hướng tích cực cùng với  những biến cố tiêu cực khác. Chúng ta ghi nhận nhiều bài học quý giá từ lịch sử tự nhiên đồng thời đã từng bước cố gắng điều chỉnh hành vi của mình để có cách ứng xử hài hoà với thiên nhiên hơn, nhằm tôn tạo giữ gìn di sản thiên nhiên quý giá ở Vườn quốc gia - Khu Ramsar quốc tế đồng thời là vùng lõi số 01 của Khu dự trữ sinh quyển thế giới Châu thổ Sông Hồng, phấn đấu thực hiện mục tiêu: “Đảm bảo cuộc sống tốt đẹp cho hôm nay và mãi lâu bền cho các thế hệ mai sau.”