Năm 1992, UBND huyện Xuân Thuỷ thành lập trung tâm tài nguyên môi trường nhằm giúp Chính phủ thực hiện tốt cam kết quốc tế về quản lý bảo tồn khu Ramsar Xuân Thuỷ.

Ngày 19/01/1995, được sự uỷ quyền của Chính phủ, Bộ Lâm nghiệp (Nay là Bộ Nông nghiệp & PTNT) phê duyệt Luận chứng kinh tế kỹ thuật Khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Xuân Thuỷ, trực thuộc chi cục Kiểm Lâm Nam Hà, nằm trong hệ thống các VQG và khu bảo tồn thiên nhiên của Việt Nam.

Ngày 02/01/2003, Thủ tướng Chính phủ ban hành quyết định số 01/QĐ-TTg V/v Chuyển hạng khu bảo tồn thiên nhiên đất ngập nước Xuân Thuỷ thành VQG Xuân Thuỷ (VQG là cấp bảo tồn thiên nhiên cao nhất trong hệ thống bảo tồn thiên nhiên của nước ta hiện nay).

Tháng 12/2004, Tổ chức UNESCO công nhận Khu dự trữ sinh quyển đồng ven biển châu thổ sông Hồng, trong đó VQG Xuân Thuỷ là vùng lõi có tầm quan trọng đặc biệt của khu dự trữ sinh quyển thế giới này.

Trải qua một khoảng thời gian dài hình thành và phát triển, Vườn quốc gia Xuân Thuỷ đã không ngừng lớn mạnh về mọi mặt. Từ một đơn vị nhỏ bé do UBND huyện thành lập mang tính kiêm nghiệm, cơ sở vật chẩt nghèo nàn lạc hậu, lực lượng cán bộ viên chức mỏng... đến nay đã trở thành Đơn vị phát triển tương đối toàn diện, cơ sở vật chất và đội ngũ cán bộ viên chức được tăng cường từng bước đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ và bảo tồn nguyên vẹn hệ sinh thái Đất ngập nước tại khu vực cửa sông ven biển Miền Bắc Việt Nam.