Theo báo cáo của Hội khoa học kỹ thuật biển Việt Nam: Khoảng trên 70% các chất gây ô nhiễm từ nguồn lục địa đổ ra vùng cửa sông và ven biển, sau đó do sự tương tác ở vùng biển, các chất nguy hại này bị tích lũy lại với hàm lượng ngày càng cao tại ven bờ.

Qua kết quả quan trắc ở những khu vực lân cận thuộc các cảng biển, tỷ lệ nước biển ở đây ô nhiễm dầu, mỡ đều vượt chuẩn cho phép. Chẳng hạn như Đà Nẵng 24,6 mg/lít, Ninh Thuận 18,1, Phú Yên 14,7 và Khánh Hòa 14,6 mg/lít, đó là chưa kể trên vùng biển nước ta bình quân mỗi năm xảy ra từ 5-7 vụ tai nạn tràn dầu đổ vào biển hàng chục nghìn tấn.

Cũng do áp lực tăng năng suất và sản lượng cây trồng, từ năm 2000 đến nay, mỗi năm ngành nông nghiệp tiêu thụ trung bình 30.000 tấn thuốc bảo vệ thực vật các loại, phần lớn số thuốc này bằng nhiều cách lại trôi ra biển. Chỉ tính riêng dư lượng thuốc bảo vệ thực vật ở các vùng cửa sông châu thổ sông Hồng có trong nước biển, lẫn trong trầm tích bãi triều và chứa trong sinh vật 2 vỏ đều cao hơn hẳn những vùng biển khác hàng chục lần.

Ô nhiễm môi trường ven biển gia tăng, cộng thêm phương pháp đánh bắt theo lối hủy diệt như dùng hóa chất độc hại, sử dụng chất nổ, lưới mắt nhỏ, khai thác tôm cá trái vụ... đang làm giảm mạnh chất lượng hệ sinh thái. Trong đó 17 loài cá biển, 57 loài cá nước ngọt có nguy cơ tuyệt chủng; các rạn san hô, thảm cỏ biển và rừng ngập mặn cũng bị phá hủy nghiêm trọng do phát triển kinh tế ở vùng ven biển và trên lưu vực các con sông gây ra.

GS.TSKH Phan Nguyên Hồng (Trung tâm nghiên cứu hệ sinh thái rừng ngập mặn- Bộ Giáo dục và Đào tạo) cảnh báo: Rừng ngập mặn là hệ sinh thái đặc biệt, có giá trị và ý nghĩa to lớn về đa dạng sinh vật đối với việc bảo vệ môi trường và phát triển kinh tế. Nhưng vì lợi ích trước mắt, người dân ở nhiều địa phương ven biển đã và đang lấn chiếm nghiêm trọng vùng nước lợ và diện tích rừng ngập mặn để nuôi trồng thủy sản, với tốc độ tàn phá tới 15.000 ha mỗi năm, nên cả nước chỉ còn khoảng 280.000 ha rừng ngập mặn, giảm khoảng 120.000 ha so với năm 1943.

Do nuôi trồng thủy sản ở nước ta phát triển theo lối tự phát, thiếu hẳn quy hoạch bền vững, nên nó vừa là "nạn nhân" vừa là "thủ phạm" của tình trạng ô nhiễm. Bởi hầu hết những vùng nuôi trồng thủy sản đều không có hệ thống thủy lợi hoặc hệ thống xử lý chất thải dư thừa, diện tích nước nuôi trồng bị tù đọng làm biến đổi chất lượng do hàm lượng ôxy hòa tan thấp, lượng chất hữu cơ tăng, chất sunphuahydro vượt ngưỡng cho phép hàng chục lần. Nên chỉ sau một năm sử dụng, các đầm, ao nuôi thả thủy sản đều giảm năng suất rõ rệt, đồng thời bùng phát dịch bệnh làm cho vật nuôi chết hàng loạt trên phạm vi rộng lớn, làm hàng vạn hộ gia đình ven biển Cà Mau, Phú Yên, Đà Nẵng, Khánh Hòa...lâm vào cảnh nợ nần, không ít hộ buộc phải bỏ hoang hóa đầm, ao do họ không thể xử lý được nguồn nước nuôi trồng bị ô nhiễm nặng.

Để ngăn chặn và đầy lùi tình trạng suy thoái môi trường ven biển hiện nay, trước hết các Bộ, ngành chức năng cần tăng cường phối hợp theo cơ chế liên ngành tham gia bảo vệ môi trường biển. Qua đó thiết lập hệ thống quốc gia về các khu bảo tồn, khu vực cấm khai thác có thời hạn, khu dự trữ thủy sản và các khu bảo vệ ở các vùng ven biển để phục hồi lại các hệ sinh thái nhạy cảm có giá trị về nguồn gen; từng bước giảm dần số lượng tàu khai thác thủy sản có công suất dưới 45 CV. Nhất là tăng cường vai trò của cộng đồng tham gia giám sát môi trường và bảo vệ nguồn lợi thủy sản.

Gắn trách nhiệm của hộ gia đình, chủ trang trại, doanh nghiệp nuôi trồng thủy sản vào quản lý môi trường. Đặc biệt là nhân rộng việc phục hồi rừng ngập mặn theo mô hình rừng phòng hộ môi trường Cần Giờ (TP.Hồ Chí Minh), và mô hình Vườn quốc gia Xuân Thủy (Giao Thủy-Nam Định)...nhằm bảo tồn đa dạng sinh vật, cải thiện môi trường ven biển, vừa ngăn ngừa hiện tượng "biển tiến" do biến đổi khí hậu toàn cầu gây ra.